A APTA, vinculada à Secretaria de Agricultura e Abastecimento, tem a missão de coordenar e gerenciar as atividades de ciência e tecnologia voltadas para o agronegócio. Sua estrutura compreende os Institutos Agronômico (IAC), Biológico (IB), Economia Agrícola (IEA), Pesca (IP), Tecnologia de Alimentos (ITAL) e Zootecnia (IZ) e 15 Pólos Regionais distribuídos estrategicamente no Estado de São Paulo.

As Instituições de Pesquisa da APTA atendem à demanda tecnológica das várias cadeias de produção do agronegócio, utilizando seu potencial de geração e transferência de conhecimento, numa visão de desenvolvimento sustentado (foco na inovação com responsabilidade social e ambiental). Para isso, estão respaldadas pela capacitação profissional de seus pesquisadores e técnicos.
Por meio de suas atividades de pesquisa e produção de bens e serviços, as Instituições da APTA contribuem para o desenvolvimento regional, para a inovação científica e tecnológica e para o fortalecimento da economia baseada no agronegócio.